基础医学研究所、临床医学研究所、心血管病研究所、肿瘤研究所、整形外科研究所、血液学研究所、皮肤病研究所、实验动物研究所、药物研究所、医药生物技术研究所、医学信息研究所、微循环研究所、放射医学研究所、生物医学工程研究所、输血研究所、医学生物学研究所、药用植物研究所（设有海南分所、云南分所）、病原生物学研究所。
北京协和医院、阜外心血管病医院、肿瘤医院、整形外科医院、血液病医院（天津）、皮肤病医院（南京）。
北京协和医院以其专家优势、技术优势、资源优势被国家卫生部指定为“全国疑难病症技术指导中心”之一；阜外心血管病医院是国内最大的三级甲等心血管病专科医院；肿瘤医院是国内最大的肿瘤专科医院，金三角周周领取工资：是世界卫生组织癌症研究合作中心之一；整形外科医院是国内规模最大、技术力量最强的整形外科三级甲等专科医院；位于天津的血液病医院是我国唯一的临床与基础研究相结合的国家级血液学专业临床与科研机构；位于南京的皮肤病医院是目前全国最大、技术最先进的从事皮肤病研究的专科医院。北京协和医院的综合实力和各个专科医院的技术力量奠定了协和医学院的临床医疗水平在中国现代医疗技术领域中的代表地位，为学生在临床实践中提高基本技能、基本操作创造了良好的条件。
临床医学院、基础医学院、护理学院、继续教育学院、公共卫生学院、人文社科学院。
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